2013年8月6日 星期二

為什麼我們認為台灣鼬獾狂犬病毒並非直接來自中國鼬獾?

(這不是新聞稿,也不要亂抄) 王弘毅老師在8/6晚上又做了一個新的分析,這次所包含的序列更多,與前一次的分析差在那裏呢?待我說來。
  • 多加上印尼與馬來西亞狂犬病的序列,我認為這是合理的。早年台灣很多走私動物,尤其是靈長類與其它食肉目動物就是印尼、馬來西亞來的呀。為了要讓很多病毒來源的假說都能夠被包含被測試,當然有必要包含很多地區的序列,而不是一開始就排除。任何受過良好科學訓練的人都知道應該這樣做
  • 多加了只感染極區食肉目動物的Arctic rabies病毒序列,這樣就不會漏掉全球狂犬病的主要支系(lineage) (ps 台灣也有合法輸入過極圈食肉目動物喔)
  • 又多加了一點中國犬的狂犬病毒序列,主要是因為分布在中國的狂犬病毒有好幾個不同的遺傳型,為了要瞭解可能的起源,當然要包含更多序列。
  • 一樣先以neighbor-joining的方式分析,而且不會沒事去網路上亂blast,因為blast是一種快速但出錯率不低的序列比對法,所以正常的演化學者不會草率地使用這樣的方法
  • 結果仍然顯示台灣的鼬獾病毒與中國的鼬獾病毒不是姐妹群。什麼叫姐妹群呢?我在上面放了一個圖,告訴大家什麼叫姐妹群(sister group),如果台灣鼬獾病毒真的從中國鼬獾來,那就應該要出現D與E的關係對不對?但事實上王老師做了第二次分析,台灣與中國鼬獾的病毒並非近緣。
  • 請不要被病毒分離株間的遺傳差異或相似度(也就是那個%)所迷惑或困惑,我要再次強調,在演化分析上,homology或divergence有多少百分比絕對不是一種支持演化關係判斷的度量。homology或divergence只能拿來判斷樣本間的同質性,例如家衛所說"台灣鼬獾身上的病毒分離株相似度很高"這就是有意義的,代表比較可能是同一隻病毒感染了好多鼬獾,但是,homology或divergence不可以拿來判斷演化起源。這也就是為什麼我們一直強調一定要以合理的取樣來重建出合理的演化樹的原因。
  • 我為什麼要標那個紅紅的?那個地方的數字叫bootstrap value(拔靴值),那是很常用的來評估這個演化樹的結構可信度的數值,越高越好。但因為家衛所目前提供的序列很短,所以和其它由NCBI下載的完整序列一比,bootstrap value會比較低。但是,我之所以把那幾個節(node)標起來就是因為,那些節的支持度在目前的資料品質下都算好,支持度好,樹形的結構就可被信賴。可被信賴的意思就是說,王老師做的分析是有可信度的,而這個分析結果就是告訴我們,台灣鼬獾的病毒不是直接從中國鼬獾來。
  • 不是我們在龜毛什麼,去查近年談病毒起源的任何研究,都是這樣做的,絕對不會把local病毒株序列定序出來,找幾個自認為有關係的序列做個簡單的NJ樹就公告世人了。