2013年8月23日 星期五

有關家衛所在8/16公布的病毒分子演化分析所透露的訊息

[這只是解釋給學生和某些持續關心且有作功課的媒體朋友聽的] 本來實在是不想再對狂犬病的事情發言,因為我覺得有些媒體的報導方向喜歡朝向失控的、不理性的、抄短線的、不存在的議題上,所以看得真的是有點煩了。但家衛所在8/16日所公布的序列分析結果,卻沒有什麼媒體好好地報導,怎麼寫都只是在問米格魯米格魯,或是要不要換成老鼠,我覺得這世態怎麼這樣啊?

先前我對病毒定序一事雞婆寫了幾篇文章,其實我真的很同情家衛所在人力吃緊壓力超大的狀況下,因應長官和媒體的逼問硬要做出第一版的結果出來 (而且還被打槍)。但是8/16的分析結果其實就好多了。好在那裏呢?
  • 把分析過程使用的某些參數與方法寫出來了,這讓科學社群得以重複他們的操作,而在可重複操作下得到一樣的結果本來就是科學研究的基本要求,所以這點他們做到了;
  • 很高興第二次的分析真的把不同地區、不同動物、不同基因序列都納入分析;雖然在台面上呈現了NJ(註一)的結果,但是知情人士透露ML與Bayesian的結果都顯示差不多的樹型(topology),因此這樣的結果基本上是有參考價值的;
  • 在有限的時間所做出來的序列分析中,家衛所也提供了一些基因功能性的說明;雖然定序不同等於基因功能(例如對何種動物會有致病力)分析,但至少知道有些突變是會造成囓齒類動物受感染;
  • 而三個樹都告訴大家清楚的事實:台灣的鼬獾狂犬病毒並不是中國鼬獾狂犬病毒的姐妹群,而台灣的鼬獾病毒起源比中國鼬獾的早很多,所以絕對不可能是由中國鼬獾身上直接跳到台灣鼬獾而造成死亡;
  • 既然這隻病毒如此不同,那麼現有的寵物與人用疫苗究竟有沒有用?究竟還有什麼樣的動物可能會發病,就不得不以動物實驗進行檢測了。然而要怎麼做?如何符合3R法則,就希望決策者對媒體發言時能夠清楚地說明,不要隨便讓某些媒體大作文章,引發不必要的群眾情緒反彈;
  • 此外,無論是犬或中國鼬獾身上的病毒,也不是單一起源,所以不要再說什麼犬型鼬獾型了,出現在亞洲南部與東南部的狂犬病毒真的沒有任何一個病毒株只感染特定動物;
  • 那這個分析夠嗎?是還不夠,但是我想已經足夠提供防疫方向了。要不要釐清病毒演化時間有多久?我想這已經是演化科學家的議題,現階段與防疫重點的關係已經不太大。我想最重要的訊息是:這個病毒在台灣存在的時間比我們想像的還要久,因此不太可能是晚近走私動物所帶進來的;但是為什麼能在台灣存在如此之久,最近忽然又造成鼬獾死亡,是相關科學家未來的工作。
以下是過去的文章:
註一:為什麼單獨使用Neighbor-joining(NJ)這個方法是有暇疵的?一般來說做親緣關係重建(phylogenetic reconstruction)的人有時候會先跑一個NJ樹來確認某些樣本與樣本之間的關係,但是,嚴謹的學者不會只使用NJ樹來解釋發生比較久遠的演化歷程。原因是NJ這個方法只能很快地得到"一個單一的樹",但沒有方法能夠判斷為什麼這個樹是最佳的樹(the best tree)。所以這也就是為什麼使用其它樹重建方法(tree reconstruction method)來確認不同方法間樹型的差異是有必要的。