澤巨蜥的分類其實一直困擾著科學家與相關的業者. 這種大型的水棲蜥蜴並不只是寵物(但絕大多數的人是不應該圈養這種蜥蜴的), 而是在原產地扮演著重要的生態與經濟角色. 已經有多篇論文討論澤巨蜥相關的皮革與肉品產業與保育問題, 不過長期以來澤巨蜥這個複合群的分類則一直沒有被釐清. 波昂動物學博物館的André Koch研究巨蜥多年, 他的博士論文即以澤巨蜥的系統分類, 演化以及生物地理作為題材 (請見Youtube上的介紹短片). 他在2007年於德國爬蟲學會所屬期刊Mertensiella上發表了澤巨蜥分類的檢討. 這篇文章具有幾個重大的結論:
- 澤巨蜥原名亞種Varanus salvator salvator應限用於斯里蘭卡產族群 (如上圖, 連結自Arthur Chapman的flickr相簿), 並指定新模式標本存放於波昂動物學博物館(ZFMK)
- 亞洲大陸(中南半島, 馬來半島, 華南)與蘇門答臘, 婆羅洲上的澤巨蜥族群應使用Varanus salvator macromaculatus這個亞種名
- Varanus salvator komaini被視為V. salvator macromaculatus之次同物異名
- 分布於菲律賓群島上所有原本屬於澤巨蜥的物種, 如黑澤巨蜥(Varanus togianus), 金頭澤巨蜥(Varanus cumingi), 雲斑澤巨蜥(V. marmoratus)及白頭澤巨蜥(V. nuchalis)皆被提升為種.
- 一般寵物市場上所流通的, 來自爪哇, 小巽它群島的族群被判定為亞種bivittatus, 安達曼群島產者則為andamanensis.
- 蘇拉維西產的澤巨蜥可能是一個未被描述的亞種.